L’accumulo di Gb3 può causare una vasta gamma di sintomi e segni clinici, che possono variare da individuo a individuo .Con l’età, si verifica un deterioramento progressivo Di tutti gli  organi vitali, che può provocare insufficienza d’organo. L’insufficienza renale terminale e le complicazioni cerebrovascolari o cardiovascolari potenzialmente fatali limitano l’attesa di vita dei maschi e delle femmine, con una riduzione di 20 e 10 anni, rispetto alla popolazione generale.

 I sintomi più comuni includono dolore addominale, problemi gastrointestinali, parestesie (sensazioni anomale di formicolio o bruciore), alterazione della sudorazione  affaticamento, problemi cardiaci e ictus,infine  problemi renali fino alla necessità di iniziare una terapia sostitutiva.  L’occhio, come in molte malattie neuro-metaboliche, è interessato con espressioni che vanno dalla tipica cornea verticillata, alla cataratta, alle teleangectasie della congiuntiva Nei pazienti Fabry il cuore presenta frequentemente un’ipertrofia ventricolare sinistra, apparentemente idiopatica, una  compromissione dell’apparato valvolare e di conduzione intracardiaca, con complicanze che vanno dall’insufficienza cardiaca alla patologia aritmica, che può portare a morte per infarto .Oltre che la compromissione del sistema nervoso periferico, il paziente con malattia di Fabry presenta un coinvolgimento diretto dell’encefalo con episodi  ischemici giovanili e possibili episodi emorragici. Anche le manifestazioni dolorose gastrointestinali, associate a diarrea alternata a senso di pienezza addominale, trovano spiegazione nel coinvolgimento del sistema vegetativo locale. La cute nella malattia di Fabry può manifestare i tipici angiocheratomi, espressi principalmente nelle aree della “mutandina”  e la presenza di un linfedema, soprattutto degli arti inferiori.